AVK/ALC/Taux d'implexe et consanguinité

[AmandineR]

Yop ! 

 

J'ai crée un topic il y a quelques mois  car je rencontrais des problèmes, j'avais très peu de mâles sur mes portées. Maintenant... je me retrouve avec de très petites portées, j'ai eu beaucoup de naissance en 2022 pour compenser le manque de mâles, et maintenant j'ai beaucoup de portées pour compenser le manque de ratons/choix. Bref, c'est n'importe quoi. Les portées les plus apparentés  sont souvent les plus petites portées, elles ne sont pas forcément très consanguine  mais on y retrouve toujours les mêmes rats ou presque. 

 

Enfin bref, l'autre jour @HopeRatoune nous à posé des questions au sujet du taux d'implexe (AVK/ALC), j'avoue n'avoir rien lu à ce sujet avant ce moment là. J'ai commencé à creuser, c'est TRES difficile de trouver des informations sur les conséquences que ça peut avoir. @Loulouteratoune m'a partagé un lien intéressant, le premier qui parlait clairement des conséquences. 

 

http://www.azawakh.fr/articles/genetique.html?fbclid=IwAR0ToX3db6CiKAdQG1Pq-AhGBBKmbH2ILxGqq_dlAzT-xsYgYJssrf00Luc

 

J'ai calculé le taux sur beaucoup de portées nés à la maison, et on tombe sur des taux pas fifou (souvent autour de 60 alors qu'il n'est pas recommandé de descendre en 70/75% selon les lectures). Je pense que mes soucis viennent en grande partie de cela à titre perso. 

 

Si quelqu'un à un retour à faire ou des informations à partager à ce sujet qui pourrait concerner directement les rats, je suis preneuse ! Je pense pas être la seule à ne pas connaître, c'est un sujet qui ne semble pas avoir été abordé (en tout cas, je n'ai pas trouvé?). 

 

Le tableau est pour les chiens, mais j'imagine qu'il s'applique à presque tout le monde, en tout cas ce sont exactement les soucis que je rencontre ici 

 

[Ancalimë]

Alors au doigt mouillé, avec Isilna on a quand même bien tourné en vase clos j'ai pas eu des masses de petites portées (elle un peu plus mais pas que). Faudra que je regarde si j'ai les taux à la maison.

[AmandineR]

il y a 10 minutes, Ancalimë a dit :

Alors au doigt mouillé, avec Isilna on a quand même bien tourné en vase clos j'ai pas eu des masses de petites portées (elle un peu plus mais pas que). Faudra que je regarde si j'ai les taux à la maison.

Je l'ai calculé pour Kood, il est à 62%  si j'ai pas fait d'erreur ! 

 

Toutes les portées avec un taux inférieur à 70% n'ont pas forcément de souci malgré tout, mais je pense que la masse de portées se basant sur les mêmes descendants  est quand même bien plus importantes de notre côté. On tourne beaucoup sur les mêmes rats depuis 2/3 ans au minimum (j'aime pas trop intégrer de nouveaux rats). 

 

J'imagine qu'il peut y avoir  pas mal des facteurs qui peuvent jouer (genre on a beaucoup de rats très mou du gland quand même, certains ne s'intéressent même pas aux femelles ). Je passe quand même dans des  extrêmes ici, j'ai plusieurs portées de 4/5 ratons et d'un coup j'ai une portée de 14/15 qui pop, souvent avec des rats qui sont pas très apparentés (genre Kood et Klitorine ils en ont fait 15). 

 

J'avoue que ça me gonfle un peu, j'ai adopté beaucoup de mâles car j'avais très peu de naissances de mâles et  je me retrouve maintenant avec des portées ridicules... pour un nombre de rats bien plus importants, des frais et du temps plus importants aussi, pour pas grand chose au final 

[Ancalimë]

Ce qui peut être intéressant à regarder c'est la taille des portées des rateries qui pratiquent une grosse consang (et font pas de culling). J'pense aux Anglais, bcp tournent tjs sur les mêmes rats/provenances.

 

Après il se peut aussi que sans le vouloir vous ayez sélectionné ce trait là C'est le cas sur les rats de labo par exemple où ils ont des tailles de portée assez homogènes. 

[Tani]

Tu n'as pas prévu un import de rats étrangers prochainement ? 

Peut-être que ces futurs outcross feront du bien...

[Artefact]

Ce qu'il est important de comprendre c'est que le taux de consanguinité mesure la quantité d'ancêtres communs (ancêtres qui sont à la fois ancêtres du père et ancêtres de la mère) alors que l'AVK mesure à quel point les ancêtres sont répétés dans le pedigree, de n'importe quel côté. Tu vas me dire : qu'est-ce que ça change ? et bien quand il y a de la consanguinité, il y a de l'homozygotie à l'échelle de l'individu donc un risque de voir ressortir des tares récessives chez cet animal. Quand il y a un fort implexe, c'est plus subtil, mais on cherche surtout à mesurer la perte de diversité génétique dans la population. Bien sûr, plus un rat est consanguin, et plus son taux d'implexe est élevé, mais ce n'est pas ça qui nous intéresse, et la réciproque n'est pas forcément vraie (on peut avoir un fort implexe et une faible consanguinité). Le but d'avoir les 2 mesures c'est d'avoir des informations complémentaires.

 

Pour sentir les choses c'est intéressant de prendre un cas extrême : les hybrides F1. Un hybride F1 c'est un rat issu du croisement de 2 rats de souches distinctes. Sa mère est consanguine à 100 %, son père est consanguin à 100 %, et ils n'ont aucun ancêtre commun. F1 est parfaitement hétérozygote (en tous cas sur tous les gènes ayant un polymorphisme), il a un taux de consanguinité de 0% et donc, n'exprime aucune tare récessive. Pour lui tout seul, tout va bien. Les hybrides F1 sont souvent pas mal robustes (et agoutis ;-))

 

En revanche, F1 a un AVK tout pourri. Pourquoi ? parce que chacun de ses parents est issu de croisements frère x sœur sur 20 générations au moins. Donc la mère a elle-même 2 grands-parents au lieu de 4 (AVK sur 2 générations, que je note AVK2, = 50%), 2 arrière-grands-parents au lieu de 8 (AVK3 = 25%), 2 arrière-arrière-grands-parents au lieu de 16 (AVK4= 12.5%), etc. autrement pour les matheux : un AVK qui décroît en 1/2ⁿ  où n est le nombre de générations, et qui tend vers 0 quand n augmente. Ca c'est pour sa mère. C'est pareil pour son père.

 

On les a mis ensemble donc on a décalé d'une génération pour F1, mais ça revient quasi au même : c'est son AVK3 qui est de 50%, AVK4 de 25%, etc. dessine-le pour te convaincre : F1 n'est pas consanguin (aucun ancêtre présent des 2 côtés), mais ses ancêtres se répètent encore et encore.

 

Et ça c'est un problème, notamment parce que... tous les frères et sœurs de F1 sont tous des clones les uns des autres ! alors que dans une fratrie "normale" les frères et sœurs partagent statistiquement 25% de leurs gènes deux à deux. Donc on a complètement sabré la diversité génétique de la fratrie, sans aucune consanguinité pourtant sur cette portée. Et si on s'amuse à faire ça dans toute une population, on va vite avoir des problèmes, parce que tôt ou tard on ne pourra plus éviter de faire de la consanguinité, et on va perdre plein de gènes et appauvrir le pool génétique (la diversité des gènes "disponibles"). 

 

Disons que l'AVK est un outil de monitoring qui permet de voir venir les problèmes avant d'en arriver à une forte consanguinité obligatoire. A l'échelle des problèmes de la lignée et des individus, c'est bien la consanguinité qui est le meilleur indicateur des risques de tares récessives. Ce n'est pas en soi un faible AVK qui peut causer, par exemple, ton problème de taille de portée... mais il peut t'empêcher d'en sortir.

[SûryâKG]

Bonjour,

 

Très intéressant ce topic, merci Amandine et merci Artefact pour tes explications qui m'ont permis de mieux modéliser le concept dans ma tête.
Je n'ai pas de soucis récurents de ce type-là sur ma famille mais comme je travaille avec une certaine consanguinité, je vais calculer ça pour les prochaines portées de la raterie et je ferai un retour ici.

Dans mon cas, je sais déjà qu'une retrempe va être nécessaire même si je regarde seulement le taux de consanguinité et la "forme" de mon arbre généa'.

 

[Artefact]

Pour info j'ai mis les calculs de COI et d'AVK à 5 et 10 générations dans la V2 du LORD donc à titre expérimental je peux en sortir quelques uns si besoin ;-)

 

Pour Kood Peela j'ai 19% de consanguinité, 52% d'AVK à 5 générations et 30% à 10 générations, mais ce sont des approximations car leur arbre 5G est incomplet (normalement ça se calcule sur un arbre complet, et en plus honnêtement, c'est dur de trouver une définition mathématique réellement rigoureuse).

 

Le problème potentiel se voit bien sur la généalogie colorée. Tout ce qui n'est pas de la couleur des parents (rose et bleu "LORD" de base) c'est un rat qui revient au moins 2 fois dans le pedigree. (Bon normalement, la logique serait de arrêter de remonter quand on tombe sur un doublon, mais j'ai poussé un peu pour la démo).

 

 

On peut remarquer notamment que quasi toutes les ramifications se terminent sur Peppermint Mocha par exemple. En termes de population, ça veut dire que les gènes de Peppermint (et en particulier les allèles pour lesquels il était homozygote) sont très sur-représentés chez tous les rats dessinés ici et leurs frères et soeurs, par rapport à une population de même taille et outcrossée où Peppermint n'apparaitrait qu'une fois. Ce n'est pas bien ou mal en soi, c'est une perte de diversité génétique - ou une logique de construction de "lignée stable", c'est un point de vue ! 

[Senalina]

On parle là des mauvais côtés de l'AVK. Quels seraient les bons ? L'AVK est-il un moyen réellement utilisé par les éleveurs pour, par exemple, fixer une caractéristique physique ? Ou alors n'est-il qu'une conséquence subie ? ça me semble super risqué comme outil, impossible de "revenir une génération avant" ou de "couper la branche" en cas de mauvaise portée comme on le fait habituellement. 
 

[Artefact]

Ce n'est pas un outil d'élevage en soi, c'est une unité de mesure (qui mesure, de manière complémentaire au taux de consanguinité, la diversité génétique).

 

Si on tombait sur une lignée de dingue qui vit 4 ans et n'a jamais de tumeur, il serait tout à fait intéressant de fabriquer des familles à faible AVK avec - tant que les pressions de sélection ne changent pas ! Il faut pas oublier que tout ça part de la sélection naturelle (survival of the fittest, s'adapter à un environnement qui change : pour qu'une espère puisse s'adapter, il faut de la diversité génétique), alors que nos critères et pressions de sélection à nous n'ont rien à voir. 

 

Pour prendre un exemple à la con, dans les pays à concours il y a une pression de sélection pour avoir des oreilles dumbo qui ont la "bonne" forme (celle définie par le standard). Tu sélectionnes pour n'avoir plus que la bonne forme, donc fini les oreilles tubulaires, les oreilles avec le bout un peu pointu, etc. Sur le plan génétique la réussite c'est de n'avoir plus que les allèles qui fabriquent les "bonnes" oreilles et d'avoir éliminé du pool les allèles qui faisaient les "mauvaises". Ce faisant, l'AVK a probablement diminué (en restreignant le pool de reproducteurs, en faisant de la consanguinité sur les fratries avec les meilleurs oreilles, etc.), et les rosettes de l'éleveur ont augmenté. Par contre, le jour où il y a un putsch à la NFRS et le standard décide que finalement les oreilles à pointe c'est mieux, bah t'es marron, parce que l'allèle oreilles pointues n'est plus dans ton pool.

[Artefact]

@AmandineR au passage, c'est avec du silvermane tes petites portées ? parce que Limë avait relayé une petite étude super intéressante et bien fichue sur la létalité du silvermane en homozygote, et ça, ce serait une explication bien plus directe ! 

https://www.srfa.info/forums/topic/101258-silvermane-letal-en-homozygote/

 

Sinon dans la même veine que le site sur les azawakhs, j'ai trouvé cette page bien complète sur un autre site canin (ils se recoupent d'ailleurs). C'est plus long mais du coup il y a des explications plus complètes et de bons exemples.
http://www.collie-online.com/pedigree/2016_coi_avk_infos.php

 

[AmandineR]

Non c'est pas spécialement sur la famille sivermane et je n'en fait pas en homozygote

 

J'ai lu mais j'ai pas le temps de répondre, le dernier lien à l'air intéressant je le lirais un peu plus tard  et reviendrai ici  

[Artefact]

De rien !

[Vazaha]

Bonjour,

Je remonte ce topic : par curiosité, est-ce qu'on peut, facilement, retrouver les ancêtres communs les plus fréquents qui baissent l'AVK calculé sur 10G sur la nouvelle version du LORD ? Ici, sur 5G les taux sont globalement très hauts, mais sur 10 globalement très bas, donc ça pourrait m'intéresser dans la recherche des futurs reproducteurs. 
En tout cas, merci de l'avoir ajouté, c'est super intéressant d'avoir ces taux !

[AmandineR]

Le 28/08/2023 à 13:18, Vazaha a dit :

Bonjour,

Je remonte ce topic : par curiosité, est-ce qu'on peut, facilement, retrouver les ancêtres communs les plus fréquents qui baissent l'AVK calculé sur 10G sur la nouvelle version du LORD ? Ici, sur 5G les taux sont globalement très hauts, mais sur 10 globalement très bas, donc ça pourrait m'intéresser dans la recherche des futurs reproducteurs. 
En tout cas, merci de l'avoir ajouté, c'est super intéressant d'avoir ces taux !

Je n'ai pas réponse à la question mais la question est très intéressant car c'est aussi très bas quand je test sur la nouvelle version du LORD, mais j'ai rien lu à ce sujet  

[Artefact]

Ce n'est pas calculé automatiquement, mais techniquement il "suffit" de déplier l'arbre sur 10 générations et d'utiliser les couleurs pour compter. C'est un jour ou deux de boulot pour l'ajouter donc pas la mer à boire, mais ça m'ennuie un peu car j'ai peur que ça alourdisse une page déjà quand même riche. Sachant que la notion est compliquée pour la plupart des gens justement.

 

De toute manière c'est relativement simple de se faire une idée normalement, avec les couleurs, les rats qui apparaissent le plus (s'il y en a) doivent sauter aux yeux. Si ce n'est pas le cas, c'est que c'est réparti.

 

Après, c'est normal que ça baisse beaucoup entre 5 générations et 10 générations, c'est mécanique, dès qu'il y a de la consanguinité : si un rat apparaît 2 fois, ses parents apparaissent 4 fois ! (D'ailleurs en en parlant, je me demande si je devrais pas plutôt enlever l'AVK10, qui va souvent être très bas sans que ce soit forcément une catastrophe).

[Artefact]

En fait on peut prendre le problème par l'autre bout : vous en tant qu'éleveurs, qu'est-ce qui vous intéresse le plus ?

• Un taux de consanguinité tronqué à 5 générations pour se comparer "à l'extérieur" (vu que ça se fait beaucoup, même si ce n'est pas une bonne pratique à mon avis) ?
• Un comptage du nombre d'apparitions de chaque rat dans la généalogie ?
• L'AVK à d'autres valeurs que 5 générations et 10 générations ?

 

Moi je mets ce qui semble le plus utile. J'ai démarré avec des trucs classiques, j'en ai rajouté d'autres parce qu'ils me semblaient intéressants (et d'autres encore pour tester mon code x)) mais ce sont vos retours à vous qui comptent le plus dans ce qu'on va garder. C'est pas forcément utile de mettre des indicateurs que personne ne saura interpréter, je ne me rends pas vraiment compte à force d'avoir le nez dans le guidon.

[AmandineR]

5 et 10 c'est très bien ! 

Moi j'avoue que la consanguinité sur 5 génération ça me manque. Mon raisonnement est peut être faux mais quand je calcule je me retrouve à toujours avoir des % sur LPM Pudding par exemple, alors qu'il est loin, et je ne sais pas quels sont les % sur les rats les plus proches ! Donc avoir un intermédiaire à 5 pourrait être pas mal, après c'est peut être pas logique et j'ai un cerveau pas terrible  ! 

L'AVK sur 10 si il n'a pas d'intérêt, pourquoi pas le virer ? Car dans les articles que j'ai lu on parlait toujours de 5 générations (mais en soit, il gêne pas le 10) 

[Vazaha]

Ah oui, j'ai Tani qui me fait mes calculs gentiment donc j'avoue que j'ai pas été chercher loin XD 

 

Eh bien en fait ça m'a fait me poser la question de "à quel point les rats de raterie [les plus vieilles et connues fiables] sont proches ?" ^^'

Et tu as raison de poser la question, il ne faut pas que ça alourdisse pour la majorité des gens, le but c'est quand même de toucher la majorité des personnes. Avoir 5 et 10, je trouve ça assez intéressant pour ma part, ça permet de se questionner et de réfléchir différemment aussi aux futurs mariages.  Plus ça ne me semble pas forcément nécessaire, ça commence à remonter... Même si pour avoir remplis des centaines de ligne excel pour Pedigraph je sais qu'on retombe souvent sur des connus bien au-delà XD 

Par curiosité, je regardais sur LOF select (pour les chiens donc) et ils ne font les calculs (de consanguinité) que sur 3 ou 5 générations. 

[AmandineR]

Chez les chats ils font sur toutes les générations avec cet outils https://www.pawpeds.com/db/?a=p&id=1694091&g=4&p=mco&o=elastic c'est mon malou, et quand tu cliques sur consanguinité ça te mets la consanguinité depuis le début (comme la V2 du coup ?) 

[Artefact]

Pour le coup, 5 générations c'est vraiment court et ça cache vraiment plein de problèmes potentiels. Encore plus chez le rat où ça va vite. J'avais lu un article assez critique là-dessus dans le monde du chien, j'essaierai de le retrouver !

[Vazaha]

Oui, chez le chien, 5 générations, ça fait vite une dizaine d'année, voir plus. Chez le rat, 5 générations côté "mamans", c'est 2 ans 1/2, pas de quoi avoir un recul de dingue non plus... (et ils n'ont pas du tout le même suivi et les espèces n'ont pas du tout les mêmes problématiques)

[Artefact]

il y a 2 minutes, AmandineR a dit :

Chez les chats ils font sur toutes les générations avec cet outils https://www.pawpeds.com/db/?a=p&id=1694091&g=4&p=mco&o=elastic c'est mon malou, et quand tu cliques sur consanguinité ça te mets la consanguinité depuis le début (comme la V2 du coup ?) 

 

Vu la vitesse ça m'étonnerait, il faudrait vérifier à la main mais je suis un peu sceptique (ou alors, je veux leur algo !!). Quand ils disent "complete inbreeding" c'est le coefficient total, par opposition aux coefficients partiels ancêtre commun par ancêtre commun.

[Artefact]

il y a 1 minute, Vazaha a dit :

Oui, chez le chien, 5 générations, ça fait vite une dizaine d'année, voir plus. Chez le rat, 5 générations côté "mamans", c'est 2 ans 1/2, pas de quoi avoir un recul de dingue non plus... (et ils n'ont pas du tout le même suivi et les espèces n'ont pas du tout les mêmes problématiques)

 

Un truc tout con d'ailleurs : à partir du moment où il y a des races, avec un "vrai" livre des origines (fermé), il y a forcément un effet fondateur avec quelques champions à la base de la race, que tu ne verras pas sur 5 générations mais qui forment une grosse partie du pool génétique de base.

[Vazaha]

Oui, complètement. Notamment sur certains phénotypes récupérés après coup.