Sélection et génomique

[Aggie]

J'avais trouvé cet article très intéressant sur la charge génomique associée à la domestication. C'est chez le chien, mais les conclusions peuvent s'étendre aux rats, les mécanismes évolution/sélection étant les mêmes : http://m.pnas.org/content/113/1/152

J'ai rapidement traduit le résumé :

Les bottlenecks de population (ndt: quand on refait une population à partir de très peu d'individus de départ), la consanguinité et la sélection artificielle peuvent tous influencer le niveau de variation génétique délétère présent. Mais l'importance relative de chacun sur les patterns de mutations délétères à l'échelle du génome demeurent controversées. Les canidés domestiques et sauvages sont un bon modèle car ils ont subis des bottlenecks connus et une intense sélection artificielle.

Ce papier évalue les patterns de variation délétère sur les génomes complets de chiens de race, de village et de loups gris.

Le ratio trouvé de changements d'acides aminés faisant passé de l'heterozygotie à de l'heterozygotie silencieuse est plus élevé chez les chiens que chez les loups. En moyenne, les chiens ont une charge génétique (genetic load) 2-3% plus élevée que les loups.

Plusieurs sources indiques que ce pattern est produit par une sélection naturelle moins efficace due aux bottlenecks associés à la domestication et à la creation des races, plutôt qu'à de la consanguinité récente.

De plus, le papier trouve que les régions impliquées dans les balayages sélectifs (ndt réduction de la diversité par sélection des régions génomiques proches d'un gène sélectionné positivement) sont enrichis en variants avec des changements d'acides aminés et en gènes de maladies mendéliennes. Ces résultats seraient les premières estimations quantitatives de la charge additionnelle des variants délétères associés à la domestication directement, et ont des implications importantes pour les programmes de repro sélective et la conservation d'espèces en danger. Spécifiquement, ils soulignent les coûts associés à la sélection artificielle et remettent en question les pratiques consistant à reproduire les individus qui collent le mieux aux standards de la race.

Ces résultats suggèrent également que maintenir un taille de population importante, et pas juste limiter la consanguinité, est un facteur critique pour éviter l'accumulation dans les génomes de mutations délétères.

[Artefact]

Il faudrait se pencher un peu plus sur la vulgarisation de la chose, j'ai peur que tu aies perdu pas mal de monde là ! mais ça a l'air fort intéressant effectivement. D'où l'intérêt à mon avis de travailler plutôt avec un pool de fondateurs assez grand, plutôt qu'avec un tout petit nombre au départ "à l'anglaise" ou façon Minna Koivu, même si on peut obtenir des taux de consanguinité comparables à terme. Et l'intérêt de reproduire plusieurs rats de la même fratrie pour limiter les effets de bottleneck.

[isilna]

Oula ! on rigole plus !

 

Effectivement je pense qu'un travail de vulgarisation est indispensable Je vais déjà aller cueillir l'article complet et lire tt ca à tête reposée.

[Aggie]

Ah nan mais c'était la trad du résumé. Je vais tenter l'explication de texte, mais c'est plus long. Un article de vulgarisation dessus :

http://mobile.the-scientist.com/article/44889/domestication-s-downsides-for-dogs